対策１

このバグに関しては、日本語のカテゴリ名に対してスラッグを変更している場合に起きるようなので、スラッグを変更しない、もしくはエクスポート前にスラッグを変更前の%nn形式に戻してあげる。

対策2

上記のバグ修正のため、
/wp-admin/import/wordpress.php
このファイルをごにょごにょします。

fromからtoへ変更（フォーラムmizube様ポストより以下）

/*
 * line 403-404:
 */
		// from:
		preg_match_all('|<category>(.*?)</category>|is', $post, $categories);
		$categories = $categories[1];

		// to:
		preg_match_all('|<category domain="category" nicename="([0-9a-z%\-_]*?)">(.*?)</category>|is', $post, $categories);
		$nicenames  = $categories[1];
		$categories = $categories[2];

/*
 * Line 462-482
 */
			// from:
			if (count($categories) > 0) {
				$post_cats = array();
				foreach ($categories as $category) {
					if ( '' == $category )
						continue;
					$slug = sanitize_term_field('slug', $category, 0, 'category', 'db');
					$cat = get_term_by('slug', $slug, 'category');
					$cat_ID = 0;
					if ( ! empty($cat) )
						$cat_ID = $cat->term_id;
					if ($cat_ID == 0) {
						$category = $wpdb->escape($category);
						$cat_ID = wp_insert_category(array('cat_name' => $category));
						if ( is_wp_error($cat_ID) )
							continue;
					}
					$post_cats[] = $cat_ID;
				}
				wp_set_post_categories($post_id, $post_cats);
			}

			// to:
			if ($c = count($categories) > 0) {
				$post_cats = array();
				for ($i = 0; $i < $c; $i++ ) {
					if ( '' == $categories[$i] || '' == $nicenames[$i] )
						continue;
					$cat = get_term_by('slug', $nicenames[$i], 'category');
					if ( empty($cat) || $cat->name != $categories[$i] ) {
						$slug = sanitize_term_field('slug', $categories[$i], 0, 'category', 'db');
						$cat = get_term_by('slug', $slug, 'category');
					}
					$cat_ID = 0;
					if ( ! empty($cat) )
						$cat_ID = $cat->term_id;
					if ($cat_ID == 0) {
						$category = $wpdb->escape($categories[$i]);
						$cat_ID = wp_insert_category(array('cat_name' => $category));
						if ( is_wp_error($cat_ID) )
							continue;
					}
					$post_cats[] = $cat_ID;
				}
				wp_set_post_categories($post_id, $post_cats);
			}

以上、wordpress2.8.2でも確認済みです。

詳しくはフォーラムをご覧下さい。